Мустафа беше уапсен од Специјалниот суд на 24 септември 2020 година, откако во јуни истата година беше потврдено обвинението против него. Првостепениот судски совет на Специјалниот суд на 16 декември 2022 година го прогласи за виновен за воени злосторства, вклучувајќи произволно притворање, тортура и незаконско убиство, осудувајќи го на 26 години затвор.
Апелација му ја намали казната на Мустафа за дел од кривичните дела за кои е обвинет.
– Апелациониот совет оцени дека единствената казна од 22 години затвор, сметајќи го времето поминато во притвор, ја одразува севкупноста на криминалната активност на Салих Мустафа во овој случај, се вели во образложението на денешната одлука.
Втората инстанца на Судот во Хаг ги отфрли речиси сите приговори на Мустафа на првостепената одлука.
Ова е прв случај што е разгледуван од Апелацијата на Специјалниот суд од неговото формирање во 2015 година.
